Si bien es cierto que uno de los programas más usados para hacer copias incrementales de directorios es rsync, también hay que saber sacar todo el provecho a ftp. Desde el principio de los tiempos, el sistema ftp fue usado para albergar copias de archivos y servir de backup de los mismos en numerosas ocasiones, pero el principal problema que tenía era la sincronización. Si un archivo existía podía sobre-escribirlo pero si dentro de una carpeta un fichero se ha modificado, realmente había que subir todo el contenido de la carpeta, lo que hace que se consuma mucho ancho de banda. Para solucionarlo, investigando un poco descubrí el proyecto lftp (Sophisticated command-line FTP/HTTP client programs), que permite crear un pequeño script que sólo suba aquellos archivos que se han modificado en un directorio ftp.
A continuación os dejo un ejemplo de cómo emplearlo.
shell> lftp -c "set ftp:list-options -a; open ftp://usuarioftp:passwordftp@hostftp; lcd /directorio/donde/copiar; cd /directorio/local/a/copiar; mirror --reverse --delete; close -a;"